Dzieje Podwilka sięgają końca XVI. stulecia, kiedy to żupan orawski Jerzy VII Thurzo skolonizował ziemie na pograniczu polsko-węgierskim przy udziale osadników z ziemi żywieckiej. Już wówczas pierwsi mieszkańcy wsi pod wodzą sołtysa Feliksa Wilczka wznieśli drewnianą świątynię z intencją sprowadzenia do niej katolickiego kapłana. Realizację tych zamierzeń zniweczyło przejście orawskiego możnowładcy do obozu reformacji. Przez kolejnych kilka dekad miejscowa ludność zmuszona była znosić szereg represji za opór wobec prób narzucenia konwersji. W walce o wolność wyznawania katolicyzmu mieszkańcom Górnej Orawy sprzyjał cesarski dwór Habsburgów, którego siłę reagowania ograniczały jednak wewnątrzpaństwowe rebelie. Za wsparcie przy stłumieniu jednej z nich, sołtysi ród Wilczków został nobilitowany w 1674 r. przez cesarza Leopolda I. Ostatecznie swobodę religijną na Górnej Orawie przyniosła wiedeńska odsiecz króla Jana III Sobieskiego, który tłumiąc inwazję Osmanów, zadał jednocześnie cios sprzymierzonym z nimi siłom obozu reformacji.
18 października 1687 r., erygowana została rzymsko-katolicka parafia pw. Św. Marcina w Podwilku obejmująca szereg okolicznych wsi, należącą do diecezji ostrzyhomskiej. W roku 1715 gmach drewnianej świątyni konsekrowany został przez nominalnego biskupa belgradzkiego Łukasza Natalisa. W kolejnych stuleciach wierni, mimo trudnych warunków życia na Orawie, rozwijali swoją wspólnotę m.in. poprzez wzniesienie w 1767 r. nowej kamiennej świątyni
Przez szereg lat wspólnotę parafialną pod patronatem św. Marcina wspólnie z Podwilczanami tworzyli mieszkańcy sąsiednich wsi: Zubrzycy Górnej do 1787 r., Bukowiny-Podszkla do 1803 oraz Podsarnia i Harkabuza do 2006 r.
oprac. Łukasz Wiater